由于现有证据指向琉球语与本土日语的分离时间在 EMJ，且支持将 PR 置于上代九州-琉球方言之下，因此 EMJ 及以前的词汇形式适宜构拟原始形式。但是，并不清楚某些 LMJ 词汇是否来自古老的非中央方言或其他语言。
在 WOJ, EOJ, PR 都存在的，基本可以认为是核心日琉语词根。日琉语词根的典型特征之一是开音节的发达。
Table 词根结构
| 词首音节 | 非词首音节 | 附加部分 | ||
|---|---|---|---|---|
| C | V | (C | V) | (C) |
| *{Ø, k, s, t, n, p, m, y, r, w} | *{a, i, u, e, o, ǝ} | *{k, Nk, s, Ns, t, Nt, n, p, Np, m, y, r, w} | *{a, i, u, e, o, ǝ} | *{y, w} |
PJR 是禁止元音连续、辅音连续的。前者体现在连续的元音或融合，或缩减，最终导致单元音化；后者体现在连续的辅音会缩减，这些情况在 OJ 和 PR 都存在。
Table 构拟 PJR 形式可能遇到的问题
| 问题 | 途径 |
|---|---|
| 中元音 | WOJ 丢失了许多中元音数据，需要参照 PR 与 EOJ 形式。除了传承 EOJ 的方言岛，不清楚其他现代方言中的保留形式能否用于构拟中元音。 |
| 甲乙元音 | 虽然 WOJ 存在上代特殊假名遣，但许多情况下合流了。有些情况下可以通过观察动词活用、名词被覆形与露出形、真 EOJ 的反映构拟。词根中、词根与词缀间的“元音和谐”（有坂规则）会有帮助。 |
| 鼻冠清音的鼻冠音 | 多数情况无法确定中间鼻音节是否真实存在。 |
| 音调祖型 | 情况较为复杂。推测词根音调可能奠定了词族的音调。 |
本体系给动词词根构拟为开音节的理由：
(1) 动词以外词性的词根都是开音节，形式上保持一致；
(2) 历史上记载了可能的动词词根：押振：淤曾夫良比 *ǝsǝ-n(i)-pura-p(a)-i-；引連：比許豆良比 *pikǝ-n(i)-dura-p(a)-i-；
(3) 实际上，构拟为闭音节亦可，更加直观。构拟为开闭音节有不同的处理方式，各有各的优劣。
Table 构拟动词词根为开闭音节的不同的处理
| 情形 | 开音节 | 闭音节 | 比较 |
|---|---|---|---|
| 后接派生词缀 | *ǝkǝ-sǝ- (QD) *ǝkǝ-Ci- (UB) *m(a)-i- (UM) |
*ǝk-ǝs- *ǝk-ǝCi- *m-i- |
(1) 将动词构拟成闭音节，会导致派生词跟需要一个首元音，以解释动词派生时的插入元音（这个元音需要与词根元音和谐）。将动词构拟成开音节有个好处是不必为自他转换后缀构拟首元音（如果需要构拟，那就是*-VCi-）； (2) 将动词构拟成闭音节，可以避免由于没有派生形式导致无法给词根构拟尾元音的情形； (3) 不构拟尾元音很可能导致无法看出与非动词词根的关联（或者，假如某个动词与非动词有关联，通过去掉非动词的尾元音，转变为动词词根）。 |
| 后接语法词 缀 |
*ǝk(ǝ)-ama- *ǝkǝ-Ci-(a)ma- |
*ǝk-am- *ǝk-ǝCi-(a)ma- |
语法词跟的首元音不与词根和谐，2 种构拟形式皆可。 |
Table 动词活用型的祖形
| PJR 动词 | 过渡阶段 | PR | PJ | 类型 | 词根音节 |
|---|---|---|---|---|---|
| *...CV- | *...C- | 第 1 类动词 | QD (QuaDrigrade) 四段（占75%） |
辅音型 | 多 |
| *...CV-Ci- | *...CVi- | 第 2 类动词 | LB (Lower Bigrade) 下二段（占20%） UB (Upper Bigrade) 上二段（约30个） |
双元音型 | 多/单 |
| *...C(V)-i- | *...Ci- | 第 2 类动词 | UM (Upper Monograde) 上一段（约10个） |
单元音型 | 多/单 |
| *se- | *se-, *s- | 第 3 类动词 | s-irr (s-irregular) サ变（1个） |
偏元音型 | 单 |
| *kǝ- | *kǝ-, *k- | 第 4 类动词 | k-irr (k-irregular) カ变（1个） |
偏元音型 | 单 |
| *a-ra- | *a-r- | 第 5 类动词 | r-irr (r-irregular) ラ变（主要是3个） |
辅音型 | 多 |
| *inV- | *in- | 第 6 类动词 | n-irr (n-irregular) ナ变（主要是3个） |
辅音型 | 多 |
通常词根产生不同活用的方式有：词根本身（四段）、后接自他转换派生后缀 *-Ci-（变二段）、后接动词后缀 *-i-（变上一段）。
词根本身作动词的，包含数种情况，最普遍的是多音节词根，产生辅音型活用：四段活用（QD）；单音节词根的情况，包含カ行变格活用（k-irr）、サ行变格活用（s-irr），其中s-irr是元音型活用但是连用是辅音型，k-irr 是元音型活用但是迂回式是辅音型。
辅音型活用中的ナ行变格活用（n-irr），可能保留了QD的早期形式；ラ行变格活用（r-irr）与QD大部分相似，本土中最大的区别是终止形不一致，似乎对应琉球 2 种不同的终止形。
后接动词后缀 *-i- 的词根产生单元音型活用：上一段活用（UM），这类动词很少，有些与二段动词有关；近代东日本存在部分四段词汇变成上一段。后接自他转换派生后缀 *-Ci- 的动词词根产生双元音型活用：二段活用（B）。二段与一段大部分相似，本土中最大的区别是终止形不一致，但一段的终止形少见于 OJ，可能以后接 *-i- 的词干本身为终止形，EMJ 时与连体形合一。
变格活用的单词十分稀少，カ变单词包括 OJ ku 及以其为最后复合部分的单词（如OJ ideku）、サ变单词包括 OJ su 及以其为最后复合部分的单词（如汉字 -su 动词）、ラ变单词包括 OJ ari 及以其为最后复合部分的单词（如 habe1ri, wori，语法后缀 -ke1ri 等）、ナ变包括 OJ inu 及以其为最后复合部分的单词（如 sinu；语法词 nu 其实就是 (i)nu）。
动词活用型的种类与动词词根或词干尾元音有关（不能确定的元音，用 *V 代替）：
Table 动词元音对动词活用型的支配
| PJR | 尾单元音缩减 | 双元音化 | PR | OJ | OJ 活用形 |
|---|---|---|---|---|---|
| *...CV- | *...C- | *...C- | ...C- | QD | |
| *...CV-i- | *...C(V)-i- | *...Ci- | ...Ci1- | UM | |
| *...Ca-Ci- | *...Cai- | *...Ce- | ...Ce2- | LB | |
| *...Cǝ-Ci- | *...Cǝi- | *...Ce- | ...Ce2- | MB > LB | |
| *...Cǝ-Ci- | *...Cǝi- | *...Ce- | ...Ci2- | MB > UB | |
| *...Cu-Ci- | *...Cui- | *...Ci- | ...Ci2- | UB | |
| *...Co-Ci- | *...Coi- | *...Ci- | ...Ci2- | UB |
动词的 *-Ci- 后缀是有意义的，就是转换动词的自他性。但是动词可以通过多种的方式转换自他性，可分成7类（添加双重后缀的形式，可能分别与使役受身助动词同源）：
Table 自他对动词的构成方式
| 自动词 | 他动词 | 原形 | 变形 | 类 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| *-Ø | QD | *-Ci- | B | *-Ø | *-Ci- | I：原型与自他转换后缀之间（QD ↔ B） |
| *-Ci- | B | *-Ø | QD | |||
| *-Ø | QD | *-sV- | QD | *-Ø | *-{r, s}V- | II：原型与自他后缀之间（QD ↔ QD） |
| *-rV- | QD | *-Ø | QD | |||
| *-rV- | QD | *-sV- | QD | *-rV- | *-sV- | III：自他后缀之间（QD ↔ QD） |
| *-Ci- | B | *-sV- | QD | *-Ci- | *-{r, s}V- | IV：自他转换后缀与自他后缀之间（QD ↔ B） |
| *-rV- | QD | *-Ci- | B | |||
| *-Ø | QD | *-sV-Ci- | B | *-Ø | *-{r, s}V-Ci- | Va：原型与自他后缀加自他转换后缀之间（QD ↔ B） |
| *-rV-Ci- | B | *-Ø | QD | |||
| *-rV- | QD | *-sV-Ci- | B | *-{r, s}V- | *-{r, s}V-Ci- | Vb：自他后缀与自他后缀加自他转换后缀之间（QD ↔ B） |
| *-rV-Ci- | B | *-sV- | QD | |||
| *-i- | UM | *-i-sV-Ci- | B | *-i- | *-{y, s}V-Ci- | Vc：原型与自他后缀加自他转换后缀之间（UM ↔ B） |
| *-i-yV-Ci- | B | *-i- | UM | |||
Table 自他对涉及后缀的自他性
| 原形 | 自 | 他 | 转 | 方式 | 类 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 自/他 | *-Ø (QD) | *-rV- (QD) | *-sV- (QD) | *-Ci- (B) | 派生后缀 | I, II, IV |
| *-rV-Ci- (B) | *-sV-Ci- (B) | 双重派生后缀 | Va | |||
| *-i- (UM) | *-i-yV-Ci- (B) | *-i-sV-Ci- (B) | 双重派生后缀 | Vc | ||
| 自 | *-rV- (QD) | -Ø (QD) | *-sV- (QD) | 派生后缀 | III | |
| *-sV-Ci- (B) | 双重派生后缀 | Vb | ||||
| 他 | *-sV- (QD) | *-rV- (QD) | -Ø (QD) | 派生后缀 | III | |
| *-rV-Ci- (B) | 双重派生后缀 | Vb | ||||
Table 自他对不同类的活用型转换
| 自 \ 他 | QD | B | UM |
|---|---|---|---|
| QD | II, III | I, IV, Va, Vb | |
| B | I, IV, Va, Vb | Vc | |
| UM | Vc |
动词活用的祖形都是悬而未决的事项。
Table PJR 活用形语基
| 传统活用形 | 语基 | 辅音型动词（Q） | 元音型动词（B, M） | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 未然 | *a | *...C(V)-a... > *...Ca... | *...CVi-(a)... > *...CVi... | 未然形可接否定、推量等，后续元素的首元音不因动词词根元音变化，说明是后续元素的词首固定音节；在单元音（辅音型动词）后使前一元音脱落，在双元音或者受动词后缀*-i-影响的动词（元音型动词）后脱落首元音。未然形不止表示未然之意。 |
| 连用 | *i | *...C(V)-i... > *...Ci... | *...CVi-(i)... > *...CVi... | 动词连用或名词化的形式，与未然形的模式类似。 |
| 命令 | *e, *{r, y}ǝ | *...C(V)-e... > *...Ce... | *...CVi-{r, y}ǝ... > *...CVi{r, y}ǝ... | 呈互补分布，辅音型动词后用 *e，元音型动词后用 *{r, y}ǝ。*{r, y}ǝ 的分布是地理的，中央 *yǝ 其他 *rǝ。或许*rǝ > *yǝ > *e。*{r, y}ǝ 来自对应间投助词，*e 后也可以接 *{r, y}ǝ。 |
| 终止、连体、已然 | *i-wo | *...C(V)-i-wo... > *...Ciwo... > *...Cu... | *...CVi-(i)-wo... > *...CViwo... > *...CVu... > *...Cu... | 语基形式由琉球形式得出，Whitman 提出中间 *r 失落法则：*r 在短元音后失落，长元音后保留——以解释辅音型和元音型的连体、已然形的区别，套用在这里类似这样： (1) 辅音型：*...CV-i-wo-rV... > *...CiworV > *...CurV... > *...CV... (2) 元音型：*...CVi-i-wo-rV... > *...CViworV > *...CVurV... > *...CuurV... > *...CurV... |
参考 Thorpe（1983）对琉球动词活用祖型的构拟，给出一种假说：
迂回法：过去学者通过 MR 文献记载，以及比较不同的u语基活用形，发现本土和琉球对应的终止形的 -u 是带颚化的，并且 MR 文献也印证了这一点，因此一些学者认为这里的颚化 -u 是带连用的 *-i-u 结构，而且*u < 动词词根 *wo。比较发现，琉球语的动词一些活用形可通过词干直接接续后续元素，或在词干后接连用+*wo+后续元素表达，与直截了当的前者相对，本站把后种方式称作“迂回法”。但是，也有学者（如 Vovin）认为这个 *u 与动词词根 *wo 无关。
N/A
PJR 存在以下可辩识主要词根：
Table PJR 可辩识主要词根的各元音组合及数量
| CV1 \ CV2 | *Ci | *Ce | *Cə | *Ca | *CU | *Cu | *Co |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| *Ci | *CiCi | *CiCe | *CiCə | *CiCa | *CiCU | *CiCu | *CiCo |
| *Ce | *CeCi | *CeCe | *CeCə | *CeCa | *CeCU | *CeCu | *CeCo *eso.y 石 |
| *Cə | *CəCi | *CəCe | *CəCə | ||||
| *Ca | *CaCi | *CaCe | *CaCa *aka 赤 *aka 開 *aNka 上 *asa 浅 *ama 甘 *ama.y 天 |
*CaCU | *CaCu | *CaCo *awo (<? *awa.w) 青 |
|
| *CU | *CUCi | *CUCe | *CUCa | *CUCU | *CUCu | *CUCo | |
| *Cu | *CuCi | *CuCe | *CuCa | *CuCU | *CuCu | *CuCo | |
| *Co | *CoCi *omi 海 |
*CoCe | *CoCa | *CoCU | *CoCu | *CoCo |
有些词根纯粹是来源自感叹词。
INTJ-01
啊 (intj)、一瞬间 (n)
从 OJ 开始，日语出现了一些拟声拟态词。到 LMJ，记载中的拟声拟态词大量出现，可能是由于过去的官方辞典对拟声拟态词对记载较少，或者在 OJ - EMJ 期间，各地逐渐出现了新的拟声拟态词。拟声词词根是纯语音的，拟声词或拟态词的词根都可能突破自身范围，存在动词或形容词系列的派生路线。
MIM-01
啊 (intj)、一瞬间 (n)
A-01
第一人称 (pron)
A-01
红色 (adj)
P-01
太阳 (n)
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