词根
本章分析广泛存在于大部分日琉语方言的经典固有词根、词缀，同时也关注拟声拟态词根，揭示日语和琉球语在词汇层面的共性和独特性。
本节系统构拟核心日琉语词根系统。基于上代日语、琉球祖语及跨语言比较，确立词根的分布层次与判定标准，列出日琉语的词族词根关系。
在上代东西方言（表日语分支的代表）、琉球祖语（里日语分支的代表）中都存在的词根，可以视作核心日琉语词根。日琉语词根的典型特征之一是开音节的发达。日琉语的最简单词根结构为：(C)V。
Kenan Celik (2023) 提出了包含相同词根的词族的识别标准：
- A. 音素一致（词形整合性（音素）的基准）
- B. 声调一致（词形整合性（韵律）的基准）
- C. 有共同的含义或有明确的含义关联（含义整合性的基准）
- D1. 分解的构成要素可被独立的证据证实（形态学分析整合性的基准）
- D2. 词语整体的含义可以通过构成要素的含义说明（须满足 D1 前提）
关于「声调一致」，根据金田一 (1937)「式保存法则」，同一词根为词首的词汇，拥有同类调类（A/B：A 对应中古「上」起首，B 对应中古「平」起首）。
构拟词根的材料可以是：上代日语（WOJ, TSOJ, EOJ）、中古日语、中世日语、现代日语、本土日语方言、琉球语、古琉球语的汉语/朝鲜语对音、一些半岛日语、Ainu 语、汉语、梵语等。构拟词根的几个难题是：甲乙元音的确定（根据上代本土方言），中高元音的分辨（根据上代本土方言和琉球祖语；存在后起的可能性），鼻冠清音中的具体鼻冠音（通常不可分辨），声调祖型的确定（主要根据中古声点资料；Ramsey 理论中，起伏调、长元音、与琉球调式不寻常的分裂皆为后起，简化了声调祖形的构拟）。
不是所有词根都见于日琉语的所有分支。在上代东西方言（表日语分支的代表）、琉球祖语（里日语分支的代表）中都存在的词根，可以视作核心日琉语词根。本网站的词典存在用于确认词汇在语言中分布的标记（基于现代证据）：
日琉祖语的层次
Section titled “日琉祖语的层次”我们通常将 PJR 所处的时代理解为早于 OJ 和 PR 。但是，一些不需要追溯到远古的单词，也可能存在日琉共同祖形。这里我们给「PJR」赋予两层含义：一者特指 PJR 所处的时代，二者指日琉共同形式，而不特定时代，用双引号标记。
不同时代的语言可能存在不同的音系。因此，对于日琉同源祖形，我们给出三个层次的 PJR 构拟：
- PJR：根据 OJ+PR。该层次的单词祖形可能追溯至 OJ 以前。
- “PJR” (post-OJ)：根据 post-OJ+PR。该层次的单词祖形可能追溯至 EMJ 以前。如果词根形态确认，同时给出 PJR 形式。但是，如果是 EMJ 以后才出现的，即使在大多数琉球语方言中检出，琉球语侧也存在是日语借词的可能。PR 也用这个音系。
- “PJR” (Loan)：根据日+琉，且确定为借词。该层次的单词祖形不一定要追溯至 OJ 以前，如来自 Ainu 语、汉语、朝鲜语。
OJ 形式容易倒推 PJR 形式，即使无琉球语证据，PJ 形式也可用 PJR 音系。
PR, post-OJ 音系与 PJR 音系的最大不同在于：元音方面，*o/ǝ 混同为 *o，出现了更多新的 *e（部分可能对应 PJR *e；部分可能来自其他元音，如 *i 降低）和 *u（来自 *o 抬升）；辅音方面，出现 *Q（某些情形难以确定来源时使用）。post-OJ 的汉日音借词音系还存在词尾的鼻化元音 *ĩ, *ũ、尾辅音 *k, *t, *p。（不后续元音的）单独的 *n 也表示未知来源拨音。
另外，给词汇也区分层次：
- 固有词
- 拟声拟态词
- 借词（朝鲜语、汉语、Ainu 语等）
某些固有词可能是古朝鲜语借词，或者借入古朝鲜语，存疑。
琉球祖语的不定音素
Section titled “琉球祖语的不定音素”- 南琉球语群的词首 b-
由于日琉语的词首 *b 通常只见于拟声拟态词、首元音失落后露出后续辅音的情形，一个词在只有南琉球的 b- 证据的情况下，如果是拟声拟态词，则这个 b- 可能来自 *b，如果是非拟声拟态词，则可能来自 *w，记作 *[w]。 - 动词的不明辅音尾
琉球语动词存在不明确的辅音尾（空辅音尾），这是由琉球语历史上的ハ行转呼、/w/ 音衰弱过程导致的。与日语不同，日语的这种情形通常有历史假名遣佐证。从统计来看，以 *w, *y 结尾的动词极罕见，因此这类不明确的辅音尾可能来自 *p，记作 *[p]。 - 舌冠音+*u
琉球语的许多方言中，舌冠音+*u 与舌冠音+*i 混同。区分方式是自然是从能区分的方言中区分，但是由于资料所限，我们不一定掌握这些方言词形。较重要的区分依据其实还是冲绳首里语的词典形式，虽然现代首里语已经混同了舌冠音+*u 与舌冠音+*i，但一些词典形式还是区分的（分别对应两类不同的舌冠音）。这类不明确是舌冠音+*u 还是舌冠音+i 的词，记作舌冠音+[u]。 - 四个假名混同
琉球语中很多词形的 *di ~ *zi, *du ~ *zu 分别混同，这是琉球语历史上的四个假名合一过程导致的。这类不明确的舌冠音记作 *[d]。 - 元音间不明辅音
一些琉球语词形可以确认长元音来自连续元音融合过程，但是连续元音之间可能存在不明辅音。这个辅音可能来自 *Ø/p/w，记作 *(C)。 - 不明来源拨音
一些琉球语词形存在不明来源的拨音，可能来自 *{n,m}V。由于本体系的拨音直接记作 n，因此这类来源不明的拨音也直接记作不后续元音的 *n，如果某些方言存在对应为 m 的形式，则改写为不后续元音的 *m。
由于许多词干形式可能存在关联，本系统采取较保守的方式：先划分「词族」，再归纳「词根」。日琉祖语存在以下可辩识主要词根：
类别词根汇总
Section titled “类别词根汇总”日语存在多种同意（肯定）与拒绝（否定）回应词，最古可追溯到上代的 wo（肯定/同意）与 ina（否定/拒绝）。这两者在中世开始被新的系列如 fai, iie 替代。类似汉语「嗯」的发音，un 表示肯定，uun 表示否定。这样的长音对立引起的回应的极性对立也见于琉球语中。
琉球语的回应词是存在待遇表现的。南琉球语群中，表示肯定的词主要是 *o（对上）, *u（对上，更高级）, *in（对平级及以下）；否定主要是 *aai, *mapa (> nba, mmaa)。石垣的 nn 表示「对同辈以下的同意回应」，延长的 nnn 表示「对同辈以下的拒绝回应」。
北琉球语群中，也存在这些词根，并且以冲绳语最有特色：对今归仁、伊江岛、首里的情况进行观察，可以发现三地共享一套机制：在 [-VL]（Vowel Lengthening）的默认条件下，通过喉塞音的有无 [±ʔ] 区分回应/同意回应。在 [-ʔ] 的默认条件下，通过元音延长与否 [±VL] 区分回应/拒绝回应，即：回应 [-ʔ][-VL]；肯定/同意 [+ʔ][-VL]；否定/拒绝 [-ʔ][+VL]。
首里语在此基础上叠加词首 /h ~ ɸ/ 插入与元音鼻化 [±nasal]（对晚辈）两个维度，前者进一步区分回应与肯定，后者标记礼貌与粗鲁。并且还出现了「遣词」（对 XX 的（同意）回应）和「劝诱」。即：回应：[-ʔ][-VL][+h]；肯定/同意：[+ʔ][-VL][-h]；否定/拒绝：[-ʔ][+VL][-h]；遣词 = 同意+回应；劝诱 = 否定+回应；对晚辈郑重：[+nasal]；对晚辈粗鲁：[-nasal]。[±h] 的引入，直接简化了回应/肯定/否定的区分：回应 [+h]，肯定/同意 [+ʔ]，否定/拒绝 [+VL]。三地对照如下：
对于与南琉球对应的 *o, *u，在北琉球存在不同的对应，如今归仁发展出了与「自己」身份相关的区别；首里引入新的待遇等级 *i（北琉球部分区域也有体现）, *yu 被加在原有等级的两端，而由于新的 *yu 出现，冲绳原有的 *o/*u 区别被转移到 *u/yu，而 *o 被纳入「对晚辈」的范畴：
对于这些冲绳语词，不宜机械的按 *Ø- > q-; *y- > y-; *w- > w-; *p > h- ~ f-; *CV+CV > 延长形态; *VN > Ṽ 这些方式构拟，而更像是后起的人为的通过不同的维度进行不同方面的区分。
虽然冲绳语通过延长创造了新的否定回应，但部分区域也存在 *aai 和 *mapa。因此，肯定回应 *o（对上）, *u（对上，更高级）, *in（对平级及以下），否定回应 *aai, *mapa 可以给琉球祖语阶段构拟。其中，*o/*u < *wo 与日语 OJ wo 对应（该词存在一些古冲绳语形式），*in（部分可能指向 *un）与日语 LMJ un 对应。*aai 在日语的对应是出云的 aae。
下面这个表汇总了琉球语的许多回应词。