故事
本章以全日琉语方言的视角，探讨现代日语和琉球语的共性，追溯历史演变，揭示两者在语音和语法上的联系与差异，使读者能够从更广阔的角度看待日琉语，了解日语和琉球语间的密切关系。
本节旨在通过跨学科视角探讨日琉语系的历史纵深。跳出传统王朝叙事，指出绳文时代的语言基底地位，介绍弥生时期随稻作传入的日琉祖语如何通过人群迁徙覆盖并重塑了该基底，进而推动古坟时代政治中心从出云向畿内的移动。针对《记》《纪》神话，本章节其视为政治整合的意识形态工具，解析畿内政权对边缘体系的吸纳过程。同时，借由任那/伽耶问题与白江口之战，揭示外部压力对律令国家形成的催化作用；并以萨摩入侵与近代化进程，阐明琉球语从独立语支走向濒危的社会语言学动因，呈现语言变迁背后的深层人群流动与权力博弈。「故事」即「过去之事」也。
晚更新世冰期后，欧亚大陆人口通过「沿海路线」和「内陆路线」进入东亚。沿海路线的迁徙发生在农业产生之前，与农业-语言共传播假说无关。绳文人是最早抵达日本列岛的人群，分布范围最南至宫古岛南部，是全球最早的陶器使用者之一。前 3.6 - 前 1.6 万年左右，绳文人与东亚人祖先分离；前 3.4 - 前 1.4 万年左右，东亚人与早期美洲原住民的亚洲祖先分离。绳文人的生存策略多样，人口密度随时间和空间变化，但总体倾向于定居。数千年来，绳文人与其他亚洲地区人群几乎完全隔绝。
日琉语的原乡
Section titled “日琉语的原乡”日琉语的传播与农业-语言共传播假说密切相关。Martine Robbeets 团队 (2021) 通过语言学、考古学和遗传学的「三角测量」方法，提出泛欧亚语系（Transeurasian language family hypothesis，包括蒙古语、突厥语、通古斯语、朝鲜语和日语，替代旧泛阿尔泰语系的假说）起源于新石器时代早期的西辽河地区和黑龙江流域的黍农的语言，该语系在新石器时代晚期和青铜时代进一步传播并发生语言接触。研究估计，泛欧亚语系起源于前 7.2 千年左右，狭义阿尔泰语系（突厥、蒙古、通古斯）起源于前 4.8 千年左右，蒙古-通古斯共同祖语起源于前 2.5 千年左右，日-朝共同祖语起源于前 3.4 千年左右。各分支向外迁移：蒙古祖语向北扩展至蒙古高原，突厥祖语向西进入中亚东部草原；通古斯祖语迁至黑龙江-乌苏里-兴凯地区，朝鲜祖语迁至朝鲜半岛，日琉祖语则从朝鲜半岛传入日本列岛。日琉祖语可能源于朝鲜半岛南部，但日琉语与其他语言同属一个语系的观点尚未得到广泛认可。
日琉祖语与农业共传播
Section titled “日琉祖语与农业共传播”前 10 世纪左右，稻作农业由无文人传播至北九州的玄界滩，标志弥生时代的开始。这一传播的中介是讲日琉祖语的人群。无文人与绳文人混合，其后代继续与列岛其他地区的绳文人混血，形成了弥生人。未经混血的续绳文人在本州东部幸存下来。这种混合假说构成了现代本土日本人的双重结构假说（埴原和郎，1991），基因分析也支持这一假说。
弥生时代的农作物包括早期的黍和水稻，晚期则有大麦和小麦。在本州近畿以外的地区，农业吸收更为多样化。研究表明，在畿内、中部山区和关东地区，农业出现时仍使用绳文陶器，且存在早于稻作的旱作农业，说明弥生时代的一些农民可能既非遗传学上的无文人，也非讲日琉语的弥生人。
前 380 年左右，稻作农业在北陆和东北建立；前 220 年左右，稻作农业在中部建立；前 100 年左右，本州北端的居民恢复了狩猎和采集的生活方式（续绳文时代）；前 50 年左右，稻作农业在东海东部建立。在关东地区，稻作农业通过不同路线传播至南北关东。关东西北的群马陶器风格伴随稻作农业引进，起源于日本海沿岸的新潟，可能通过日本海海岸扩散而来，与沿太平洋海岸到达神奈川的路线完全不同。在利根川以北，弥生人的基本农作物在 150 年前尚未出现，推测东北中南部的弥生时代早期农作物栽培技术是续绳文人借入的，而日语则可能是在古坟时代伴随迁徙传播的。
弥生时代的倭国
Section titled “弥生时代的倭国”前 3 世纪，青铜器已传入日本列岛；前 1 世纪，铁器也开始传入。弥生时代中期到后期，大陆文献中出现了与倭国相关的记载。「倭（委）」这一称呼最早来源于大陆，可能是早期族群的自称，因与「和」谐音，有时也被「和」代替。其训读「yamato」与「邪馬壹」（疑邪馬臺讹）同源。据《后汉书・东夷列传》记载，倭国曾两次向东汉朝贡：第一次发生在建武中元二年 (57)，光武帝赐倭奴国印绶，「漢委奴國王印」于 1784 年在日本福冈县志贺岛出土；第二次发生在安帝永初元年 (107)，倭王帥升朝贡，一说此国王或与出云神须佐之男有关。半世纪后，倭国大乱，将此动乱收束的，是受众人推举为女王的卑弥呼。
此记载也见于《三国志・魏书・倭人传》，曹魏曹叡在位年间 (226 - 239)，卑弥呼遣使访魏，被封「亲魏倭王」。史料还详细记录了通往邪马台国的路线和当地风俗。关于邪马台国的位置，学界存在争议，或在九州，或在近畿的奈良盆地东南（如缠向遗迹）。《三国志》以当时北方音记载了诸多倭国地名，除對海（对马）、一支（壹岐）、末廬（松浦）、伊都（怡土）、邪馬壹（疑邪馬臺讹）等易辨认者外，其他地名亦可能与现存地名对应。例如：投馬（疑出云）、已百支（疑巴百支讹，即伯耆）、伊邪（疑伊予）、姐奴/蘇奴（疑赞岐）、華（疑阿波）、躬臣（疑躬巨讹，即兵库）、巴利（疑播磨）、邪馬（疑山城）、斯馬（疑志摩）、鬼（疑纪伊）、爲吾（疑伊贺）、支惟（疑笥饭，即敦贺）、好古都（疑奴古之讹，即额田）、都支（疑土岐）、呼邑（疑甲斐）。若此推测属实，则支惟、華等地名反映了早期的ハ行转呼现象。部分人名、官名或为日琉词汇的早期形式，如卑狗（OJ pi1ko1，彦）、牛利（疑牟利讹）/母離（OJ mori，守）、獲支（OJ wake2，别）、壹與（疑臺與讹，OJ to2yo2，豐）。《三国志》提到男子皆「黥面文身」，刺青文化见于 Ainu 人，或为绳文人风俗，可能反映弥生人与绳文人的文化融合。
卑弥呼遣使访魏后，曹魏亦派使至倭国，期间邪马台国与狗奴国发生战事。卑弥呼死后，弥生人精英兴建墓冢并逐步传播，古坟规模增大，数量增多，且存在殉葬制度，国家逐渐形成。考古发现，当时石头或金属武器及防御性环沟聚落数量增多，尤其在近畿东部内海；九州吉野里遗址和山阴青谷上寺地遗址出土了大量因武器致伤而死的人骨，与出云、吉备地区大规模弥生坟丘墓（缠向型前方后圆坟）的时期重合，印证了乱世的存在。与此同时，中国黄巾起义爆发，罗马陷入三世纪危机，波斯安息帝国和印度贵霜王朝也发生动乱。随后的古坟时代，因朝鲜半岛各国战争，来自朝鲜半岛的第二次移民潮持续了一个世纪。
古坟时代的移民
Section titled “古坟时代的移民”Cooke 团队 (2021) 研究发现，古坟时代日本人具有东亚血统，并提出日本基因组的三重构造假说，即现代日本人的基因组由绳文人、弥生人和古坟人三个不同集群构成，其中古坟人与现代日本人最为接近。研究表明，弥生时代至古坟时代期间，日本列岛存在额外的外来迁移，汉族被成功建模为古坟人的主要祖先。自古坟时代以来，日本人的基因组成未发生实质性变化。
古坟文化的显著特征是「前方后圆坟」的出现，其规模反映了等级与政治权力的高低。考古证据显示，弥生-古坟过渡期可能存在来自朝鲜半岛南部的移民，引入了新的大型定居点。日本与朝鲜、中国之间存在强烈的文化和政治联系，如中国的铜镜、货币，朝鲜的铁原料，以及刻有汉字的金属器（剑等）等物品的输入，引发了列岛内各「国」之间的激烈竞争，并促进了与大陆王朝的政治联系。5 - 6 世纪，本州西部的精英移民进入关东，引入骑马文化，使关东成为重要的养马区。
古坟时代，九州的筑紫、日向，关西的出云、吉备、倭，以及关东的浓尾、毛野古坟繁盛。其中，倭、筑紫、出云、吉备并称「四大王权」。古坟时代的倭国可能是弥生时代邪马台国（国家联盟）的延续。筑紫洲（九州）包括筑紫国（北九州）、火国（肥国）、丰国、日向国。筑紫国是朝鲜半岛移民的登陆地、传说中新罗征伐的出发地，日向国是传说中神武东征的发祥地。吉备则以巨大的古坟文化和制铁技术著称，根据《古事记》的记载，推定在兵库加古川以西。古坟时代中期，最早的前方后圆坟出现，并传播至西出云、九州、倭国和关东。关东的主要势力毛野建有东日本最大的古坟，其名称可能指「毛（人）の」，毛人即虾夷（《宋书》：东征毛人五十五国）。中部的浓尾地区也发现大规模古坟。东日本、中国、出云和四国的前方后圆坟最初诞生于伊势湾沿岸，后扩展至全国。
古坟势力分布。Saigen Jiro (2013) 古墳時代の主な勢力（毛野）
寺尾团队 (2024) 通过构建日本全基因组/外显子测序库（JEWEL），将日本人分为东北、北海道、关东、中部、关西、九州、冲绳七大区域，支持三重祖先假说。其中，冲绳人绳文祖先比率最高，关西人东亚祖先（汉族）比率最高，东北人东北亚祖先比率最高，并且明显分为本土及冲绳 2 个不同集群。从东北到九州，与东北亚祖先的亲和性减弱，与绳文祖先和东亚祖先的亲和性增加。宫古岛的古代人与朝鲜三国时代（4 - 5 世纪）的古代人基因与绳文人存在较高的遗传亲和性。
小金渕佳江 (2023) 的研究表明，冲绳和宫古群岛居民存在人口结构差异，且宫古群岛内部也表现出不同的人口结构。研究支持人口分化主要由遗传漂变引起，而非周边地区（如日本本土或中国台湾）的迁移率差异所致。冲绳和宫古群岛居民之间的遗传梯度可通过岛屿间的人口反复迁移解释，这一观点也得到琉球国时期地区间人口迁移记录的支持（相关记载晚于古坟时代）。
《记》《纪》记载，古坟时代有移民从朝鲜半岛迁至日本列岛。崇神时，伽耶王子都怒我阿罗斯等（于斯岐阿利叱智干岐）经穴门（长门）、出云至笥饭浦，其地名成为今日的敦贺（角鹿）。垂仁时，新罗王子天日枪（天之日矛）东渡日本。应神时，多位大陆及朝鲜半岛的渡来人东渡，如弓月君（秦氏之祖）、阿直岐（或与阿知使主为同一人）、王仁（和迩吉师，传入《论语》《千字文》）和阿知使主（东汉氏之祖）。应神还曾派阿知使主等前往吴地（东晋或南朝宋），以寻求会缝纫的女性。
绳文人在东北
Section titled “绳文人在东北”奈良时代，倭国以畿内为中心，与九州和关东首领保持同盟关系。彼时东北被虾夷（Emisi）占据，7 世纪中期，倭国对东北虾夷及肃慎（可能是古鄂霍次克人一支）展开征讨（三十八年战争），但最终失败。9 世纪，虾夷系豪族安倍氏与清原氏统治东北，12世纪易主为奥州藤原氏。考古发现，奥州藤原氏前三代棺材中仅有少量大米和大量稗子，而非大陆小米，说明中世东北农业仍非大陆型，稗子种植可追溯至绳文时代。
虾夷并非单一族群，该词可能泛指「受统治之外的人」。从事稻作农业的虾夷可能是说日琉语的弥生人或古坟时代人，但新潟和福岛以北的地名显示，部分虾夷可能说 Ainu 语，需口译员沟通。续绳文人可能使用与虾夷语相关的语言，多数学者认为 Ainu 语是一种古老的绳文语。上代东国方言与古 Ainu 语存在借用关系，本土和琉球部分无法用日语解释的地名或民谣或与 Ainu 语有关。Ainu 人是继承绳文人血统最多的人群，11 世纪进入北海道，13 世纪进入库页岛，曾与 Nivkh 人（鄂霍次克人后裔）对峙。由于 Ainu 人定居，北海道许多地名以 Ainu 语命名。
Ainu 人进入北海道前，北库页岛的鄂霍次克人（3 - 13 世纪）已于 5 - 9 世纪南迁至北海道东部鄂霍次克海沿岸，现代部分 Ainu 人也是鄂霍次克人的后裔。7 世纪后期，北海道在土师器影响下进入擦文文化，持续至 12 世纪，后在鄂霍次克文化和倭文化影响下，擦文文化向 Ainu 文化转变。
645 年乙巳之变，苏我入鹿被暗杀，其父苏我虾夷自焚，朝廷史书多被焚毁。天智在 663 年白江口之战中战败，忙于备战反攻无暇修史。672 年壬申之乱（天智继承人内战）后，其弟天武命稗田阿礼于 712 年完成《古事记》的编撰。推测由一品舍人亲王团队于 720 年完成《日本书纪》的编撰。
《记》《纪》记录了日本神话与历史，包括开辟神话（开天辟地、国与神的诞生）、神器发祥神话（天照与須佐之男之誓、天岩户）、出云神话（退治八岐大蛇、因幡（稻羽）白兔、大国主建国、让国）、日向神话（天孙降临、山幸彦与海幸彦）、天皇事迹（神武东征、缺史八代、倭建命、新罗征伐、后继天皇事迹）等，内容虚实参半，但结合大陆史料和考古发现，具有一定可信度。
琉球和 Ainu 人也有类似开辟（造岛）神话。琉球有《记》《纪》神话的变体（造岛、日向神话（天孙（阿摩美久）降临、龙宫））和原始信仰（东方太阳信仰、妹神（PR *wonari）信仰、先岛原始神灵信仰），暗示南北琉球文化差异。Ainu 人的神话有图腾神话和地名由来神话，造岛神话的出现时间不早于其进入北海道之时。
日琉语中表示「山」「林」互通且有神圣义，可能体现了山林信仰：
森（mori）：有神社等的神域，是有神灵寄宿的树木高耸处；森林；（琉球）山、丘。可能是「林」的敬称。 岳（take）：高山、（方言）与信仰有关的山；（琉球，御岳）神社、（冲绳也表示）山林中祭祀神灵的场所，圣地。可能是「山」的敬称。 山（yama）：山、山林、（八丈）原野、（方言）田地等。可能是「山林」的统称。
弥生中晚期，出云为「四大王权」之一，与倭国竞争。《记》《纪》将日向神系奉为天神，出云神系降为地神，将须佐之男嵌入日向神话，并以日向神话接续出云神话，彰显倭对出云的优越感。当时出云或曾有强大影响力。
《记》《纪》详细记载了出云神话向日向神话的转变：古有根国神須佐之男，在出云讨伐了八岐大蛇，其后裔大国主（大穴牟遅神），与少名毘古那神在地上世界建立葦原中国，遭天照的使者武力夺取（出云神话称为「让国（国譲り）」，日向神话称为「葦原中国平定」），天照、高木神再派「天孙」邇邇藝命（瓊瓊杵尊）治理葦原中国（天孙降临）。这暗示了倭对出云的征服。
根国（ne=no kuni），也称根之堅洲國（ne=no kata su kuni）、妣國（haha=no kuni）、底根國（soko=tu ne=no kuni），是极远的地下世界，入口与黄泉国一样在黄泉平坂，可能指出云（存在古地名嶋根（sima ne））。《出云国风土记》记载了称作黄泉坂、黄泉穴的洞窟。八岐大蛇即高志之八俣遠呂智（kosi=no yamata=no oroci），也称越の八口（kosi=no yaguci），生于越国（kosi），非中国大陆的越国，亦作高志，《出云国风土记》写作古志。其来到出云可能暗示越国人曾迁徙至此。葦原中国（asihara=no naka=tu kuni）也称豊葦原中国（toyo asihara=no naka=tu kuni）、中国（naka=tu kuni），介于高天原与根国之间的世界，即人世。
《出云国风土记》记载了一个独特的引国神话（国引き），未见于《记》《纪》，为《出云国风土记》的地名「意宇」由来和出云由来神话。神话中，八束水臣津野命（淤美豆奴神）称出云国因东西狭长而「做小了」，需从志羅紀（新罗）、北門佐岐（鷺浦）、北門農波（野波）、高志（越国）牵引土地加以「缝补」。这可能暗示了来自朝鲜半岛、出云附近区域及越国的人口迁移。
与从高天原降临的日向神不同，出云神渡海而来。新潟的「出雲崎」地名及石井神社（祭拜大国主神）体现了出云文化的传播。日本海沿岸的出云、因幡、但马、加贺、能登、越中、越后等地均有「気多（keta）」之名，上越的居多（kota）神社也曾称「keta」神社。据能登《气多本宫缘起》记载，大国主神从出云经因幡的気多崎而来。新潟县柏崎市的屋奈加姬石传说讲述了一位出云女神因仰慕男神逃至越后的故事。此外，丝鱼川市前波南遗迹出土的木简上写有「出雲真山」，进一步证明出云文化的扩散。
大国主在三轮山供奉大物主（《记》为另一神，《纪》为同一神），而三轮山位于倭国中心，暗示三轮山可能曾受出云势力影响。出云神系祭祀的广泛性表明，出云文化圈在古坟时代可能覆盖了较广区域。
日向神话之后是传说中的天皇事迹，多为虚构，但也反映了一些真实事件。天皇系谱虽称「万世一系」，但其和风谥号和出身暗示血统可能源自多处，部分事迹语焉不详且情节类似，令人怀疑其真实性。水野祐 (1954) 提出「王朝更替说」，认为古代神话体现了三个王朝的存在：崇神、垂仁的三轮王朝（イリ王朝）；景行、应神、履中、反正、显宗的河内王朝（ワケ王朝）；以及継体的越前/近江王朝。
第一代神武磐余彦从日向出发东征，经筑紫、阿岐（安艺）、吉备、速吸门、青云之白肩津、纪伊、熊野，一路消灭敌对势力（长髓彦、兄宇迦斯、弟宇迦斯、土蜘蛛八十枭帅等），最终在畿内橿原宫即位，或暗示了倭人从九州经濑户内海迁至畿内的过程。此后是「缺史八代」，至崇神时，崇神通过祭祀大物主平息瘟疫，派遣四道将军（北陆道大彦命、东海道武渟川別、西道吉備津彦、山阴道丹波道主命）统一本州，因调查户口、首次赋役被尊为「御肇国天皇」。期间，出雲振根斩杀其弟飯入根的事件与《古事记》中倭建命斩杀出雲建的情节相似。神武与崇神的美称（神武也称「始驭天下之天皇」）和事迹相近，存在为同一人的说法。
垂仁后，景行期间，其子小碓尊在十六岁时因谋杀兄长大碓尊（《日本书纪》未载此事），被景行发配讨伐熊袭川上枭帅，此后被称为倭建命（日本武尊），返京前途经出云国，暗算了出云建。景行四十年，景行命其讨伐东国虾夷，虾夷不战而降。班师途中，倭建命因思念牺牲的妻子弟橘媛，发出「吾妻はや」的感叹，被认为是「东」（azuma）的词源（实际可能源于 Ainu 语）。此后，他为杀近江伊吹山神，遭天谴，返回伊势神宫后，卒于能褒野，时年三十。
《三国史记》记载的朝鲜半岛部分地名，经 Vovin 考证属日琉语词汇，为半岛日语（Vovin 称 Peninsular Japanese，后归入 para-Japonic；伊藤英人称作「大陆倭语」）的存在提供了基础。古代朝鲜半岛的国家，北部高句骊为扶余系，南部三韩（辰韩、马韩、弁韩；《日本書紀》、《旧唐书》指百济、新罗、高句骊）为韩系。百济吞并马韩，伽耶源于弁韩，济州岛古称耽罗（也称耽牟罗、屯罗、涉罗、儋罗、剡罗）。新罗原为辰韩的斯芦国，其早期君主与倭国渡来人瓠公有关，瓠公因乘瓠渡海而得名。秦韩由从秦朝劳役中逃亡者建立，其言语与秦人相似。半岛日语可能包括伪高句骊语（pseudo-Koguryŏ language）、百济日语（Paekche Japonic language）、新罗日语（Silla Japonic language）、伽耶（任那）日语（Karak (Mimana) Japonic language）、耽罗（济州）日语（Tammura (Chejudo) Japonic）。
据《日本书纪》，由于对大陆资源的觊觎，仲哀执意征伐新罗，结果在熊袭征伐中失败，次年去世，神功皇后随后掌权。仲哀九年，神功皇后平定熊袭后统一列岛，随后在怀孕期间出兵朝鲜半岛，新罗不战而降，高句丽（《古事记》未记录）和百济也答应朝贡。神功五十二年，百济王为纪念济倭同盟，向神功皇后献七子镜、七枝刀（现存奈良石上神宫，为日本国宝，「泰■四年」铭文成谜）。据《日本书纪》所引《百济记》，神功六十九年，因新罗停止朝贡，倭国派沙至比跪（葛城袭津彦）讨伐，他却转而攻灭伽耶，伽耶国王逃至百济，其妹向倭国控诉。倭国随后派木罗斤资讨伐沙至比跪，夺回伽耶。
据《三国史记》，公元前 1 世纪至 5 世纪中期，倭人多次入侵朝鲜半岛，新罗、百济曾向倭国送人质。清光绪年间，吉林通化出土的《好太王碑》(414) 记录了高句丽建国神话及 4 世纪末高句丽讨伐百济、倭国的战事，从高句丽视角印证了倭与「三韩」的冲突。2005 年，中国发现比光绪年间更古老的拓本，内容一致。2011 年发现南朝梁的《梁职贡图》记载「斯羅國…或屬韓或屬倭」，进一步印证了倭国与朝鲜半岛的战事。
全罗南道发现日本特有的「前方后圆坟」，旧新罗、百济、伽耶地区出土大量日本产翡翠勾玉，而旧高句丽地区少见。Pere Gelabert 团队 (2022) 在韩国金海市遗址（历史上属伽耶）发现 4-5 世纪人骨 DNA 中有绳文人血统，而现代朝鲜人中不存在此血统，表明伽耶存在与倭国有紧密关联的集团。
5 世纪南朝宋《宋書》记载了五代倭王：贊、珍、濟、興、武。此后，《南齊書》《梁書》《南史》等史书也有相关记录。413 - 478年，倭五王向东晋、南朝宋朝贡，试图通过大陆王朝的承认来支配朝鲜半岛南部。但 451 年后，因宋朝与百济的外交关系，倭国未能取得宋对其支配权的承认。
通常五王被认为分别对应为：（禰：仁德；）贊：仁德（或履中；「贊」可能也表示仁德之名「大鷦鷯」 oo-sazaki 中的 saza）；珍：反正；濟：允恭；興：安康；武：雄略。稻荷山古坟出土了一些铁剑上的铭文，就包含了「武」的名字：擭加多支鹵（*waka-takeru，若建/幼武）。据《记》《纪》，仁德在河内平野实施大规模治水工事（或参考尧舜禹治水传说），并向南朝宋、高句丽朝贡。履中时，弟住吉仲皇子夺位被其弟弟瑞齿别皇子（反正）诛杀。反正未立太子而死，允恭虽以病辞退，但最终即位，并在飞鸟甘坚丘实施盟神探汤以纠正氏族姓氏混乱。安康听信谗言诛杀叔父（仁德）的皇子大草香皇子，后被眉轮王暗杀。其弟大泊濑皇子（雄略）继位后，肃清眉轮王等皇族，诛杀根使主，镇压地方豪族，扩大帝权，积极推行养蚕、遣使吴地王朝等政策，应新罗请求出兵高句骊，割让任那久麻那利复兴百济。
《隋书・东夷・倭国》出现了对新倭王名字的记载（倭王姓阿每，字多利思比孤，號阿輩雞彌），以及「盟神探汤」的具体内容。《隋书・东夷・流求国》中亦有对「流求国」的记载，但可能并非琉球国。倭王「目多利思比孤」也见于《新唐书・东夷》，判明为用明之名，该史书出现了与《记》《纪》一致的天皇系谱。该史书还记载了白江口之战和倭国国号变更为日本之事，一般认为这也是大化改新的一部分。
朝鲜三国时期，倭国可能入侵过任那地区，该地区在弥生时代中期（前 4 - 前 3 世纪）出现大量与以往不同的弥生陶器，被认为与倭人入侵有关（可能在新罗征伐之后）。狭义的任那指金官国（位于今韩国庆尚南道金海市），广义的任那则以《三国志》中出现的狗邪韩国或弁辰狗邪国的继承政体金官国（又称驾洛国、金官加罗、任那加罗）为中心，涵盖弁韩、辰韩、马韩部分地区（包括今全罗南道）。任那是日本对此地区的称呼，通常被伽耶（伽倻、加耶、加罗）代替或并提，伽耶诸国被认为包含任那诸国。任那训读「mimana」的词源可能源自中世朝鲜语任那 *nimna。
钦明时，新罗崛起并兼并任那地区。倭国虽多次出兵新罗，但均无成效，其在朝鲜半岛南部的影响力日衰。《日本书纪》记载新罗曾用白旗欺骗敌军，而《三国史记》(554) 也有类似记载。562 年，任那灭亡。敏达试图重振倭国在朝鲜的影响力，但未能成功。推古时，日本也曾进攻朝鲜半岛。
佛教传入日本列岛也在这个时期：钦明时，百济圣明王（受梁武帝册封持节都督百济诸军事绥东将军百济王）向日本传播（大乘）佛教。敏达因 585 年日本瘟疫蔓延而禁止佛教。推古时，佛教得到大力推广，倭国多次派遣使节团访问大陆学习先进制度，并进行了一系列改革，开启了飞鸟时代。
新罗最初与高句骊结盟对抗百济和倭国，后因高句骊南下，转与百济结盟对抗高句骊。夺取汉江流域后，新罗与唐朝结盟，共同对抗百济和高句骊。643 年，新罗因百济和高句骊的进攻向唐求援。645 年，唐太宗亲征高句骊未果，新罗反被百济夺十余城。唐太宗驾崩后，唐朝从高句丽撤军。655 年，新罗面临灭国危机，与唐达成协议联合进攻百济。660 年，唐将苏定方与新罗武烈王联合攻灭百济。
百济灭亡后，鬼室福信等死守周留城，为迎回百济王子扶余丰即位，遣使向倭国求援（百济复国运动）。661 年，齐明亲征，却至九州病逝，天智即位。唐高宗继续攻打高句骊，高句骊与鬼室福信联合抗唐。天智发兵护送百济王子回国即位。662 年，高句骊也向倭国乞师，倭军一度威胁新罗与唐军的联系通道。但百济王诛杀鬼室福信，军力日衰。663 年，唐-新罗联军与倭-百济联军在白江口（今锦江口）海战，倭军被歼灭，百济王逃亡高句骊，王子投降，倭军撤退。战后，倭国强化国土防御，迁都并制定律令。668 年，唐朝攻灭高句骊。
据《新唐书》、《三国史记》，670 年，倭国改称日本。8 世纪，日本出现用变体汉文写就的最古文献。
琉球群岛由四个部分构成：靠近九州的奄美群岛、处于中央的冲绳群岛、南部的先岛群岛（由宫古群岛和八重山群岛组成）。岛上最早的人类包括前 3 万年左右的山下洞人和约 1.6 万年左右的港川人。前 5.3千年，鬼界海底火山喷发摧毁了南九州的绳文文化。古时记载的九州以南岛名有：掖久（屋久）、多禰（種子）、吐火羅（吐噶喇）、奄美、度感（徳之島？）、阿児奈波（沖縄）、球美（久米）、信覚（石垣）。由于日语的普及、代际断层，目前琉球语各分支为「濒危」至「极度濒危」状态。
奄美：古也称海見、雨見、阿麻弥、菴美、㭺美，得名于琉球始祖「阿麻弥久」（amamiku, amamikiyo）的降临地。德之岛的 Amangusuku 遗迹表明，该地区早在前 3 万年左右就已存在人类活动。约前 4 千年，受九州影响，当地出现宇宿下层式土器。弥生时代，贝文化兴起，据《日本書紀》，当时与倭国有贝道贸易往来。奈良时期，因倭与新罗交恶，遣唐使曾经由奄美大岛横渡东海抵达长江。894 年遣唐使、926 年遣渤海使废止后，日本与周边国家交流中断。10 世纪，日宋贸易兴起，九州却多次遭受新罗、南蛮（奄美）入侵。998 年，大宰府发动南蛮追捕，抵达喜界岛。11 世纪，大宰府成为日本与宋朝、高丽、南岛贸易的重要节点，喜界岛则是南岛贸易的中转地。喜界岛古称貴駕島、貴海島，南部先山遗迹出土了约公元前 4 千年的绳文时代条痕文陶器。传说，源平壇浦之战 (1185) 中，平氏败军流落至奄美，留下行盛神社（龙乡町户口）、有盛神社（名濑市浦上）、大屯神社（濑户内町诸钝）等遗迹。13 世纪，奄美开始向琉球进贡。14 世纪，琉球舜天王的后裔被传为奄美大王（奄美大主、奄美大守）。当时，大岛南部的冲永良部、与论岛处于北山势力范围，语言上接近冲绳北部方言（以致于存在「冲永良部与论冲绳北部方言」的分类），但与冲绳语仍有词汇差异。1429 年，尚巴志统一冲绳后入侵奄美，1447 年占领奄美大岛，1466 年占领喜界岛。
冲绳：传说阿麻弥久将稻作等文化传播至久高岛，随后扩展至玉城、本岛各地，并最终在浜比嘉岛留下墓葬，久高岛因此被视为冲绳的发祥地。传说 1156年，源为朝因保元、平治之乱战败流落至今归仁，其子成为浦添按司。1187 年，琉球国舜天王朝建立，第三代义本禅让英祖，其在位期间击退元军入侵。第四代时期，琉球分裂为中山、北山（山北）、南山（山南），进入「三山时代」，分别由中山王玉城、北山王今归仁按司和南山王大里按司割据，时值 12 世纪，冲绳处于按司与御城的时代。玉城的后继让位于察度，与明朝结好，期间明朝派遣人员至久米村，即久米三十六姓（三十六为虚数）。1383 年，三山被明朝正式命名为「琉球」。1389 年，琉球国向高丽朝贡，高丽大藏经和陶瓷技术传入。1405 年，佐敷按司巴志占领中山，结束察度王朝。1416 年，巴志联合各地按司攻灭北山，1422 年接受明朝册封，受赐尚氏，1429 年收服南山，完成三山统一。此后，琉球开始侵略奄美群岛。1467 年，尚圆王发动金丸政变，开启第二尚氏王朝。期间，琉球镇压了八重山的远弥计赤蜂之乱 (1500) 和与那国的鬼虎之乱 (1522)，完成先岛诸岛的统一，并于 1537 年再次攻取奄美。这一时期，得益于明朝的朝贡贸易和海禁政策，琉球成为连接明朝与东南亚各国的重要贸易中介，进入「大交易时代」。然而，随着明朝国力衰退、海禁政策放宽以及西欧列强对东南亚的殖民扩张，琉球的贸易地位逐渐削弱，1570 年退出与东南亚的贸易。琉球的北向扩张得益于日本本土的战乱。随着日本战国时代结束，琉球国为配合丰臣秀吉入侵朝鲜也提供了物资支持。战争失败后，明朝中断与日本的贸易。德川家康为恢复与明朝的间接贸易，支持萨摩藩扩张势力，进一步控制琉球。1609 年，萨摩藩于入侵琉球国，尚宁王被俘至萨摩和江户谢罪，琉球进入双重藩属状态。1840 年第一次鸦片战争期间，西方列强也要求琉球开国。1853年，佩里黑船来航。1871年，日本明治维新后，本土废藩置县，琉球被划归鹿儿岛县管辖（第一次琉球处分）。1872 年，琉球藩设立琉球藩，1879 年，冲绳县设立（第二次琉球处分）。二战期间，冲绳发生了惨烈的冲绳战役。战后，冲绳被美国占领。1972 年，根据《关于冲绳群岛及大东群岛协定》，美国把冲绳「归还」日本，至今琉球群岛主权未定。
南琉球（先岛）：绳文和弥生文化的遗迹未能在南琉球发现，但八重山群岛的波照间下田原城迹的陶器，说明约前 26 世纪时，曾有南岛语人群定居，但该南岛语聚落并未长久存在，直到 11 - 12 世纪左右，才出现新的文化。14 世纪末，宫古的与那霸势头丰见亲真佐久在豪族斗争中向中山国及八重山称臣，以中山国为靠山统治八重山。1500 年，远弥计赤蜂之乱爆发，宫古的仲宗根丰见亲与琉球国联军镇压叛乱，八重山正式纳入琉球国版图。此后，处于女首长 San’ai Isoba Abu 的统治下的与那国岛也被纳入琉球国版图。
大东群岛：于 1500 年代中期被发现，最初称 Ufuagari（即「大东」）或大东方岛屿，明治时被由冲绳、八丈移民（玉置商会）开发。
附记：《中山世谱・琉球舆地名号会纪》 (1701)
三府、五州、三十五郡。【俗叫府州曰方，又叫郡曰間切。】
【中頭】中山府：五州、【首里三平等、那霸、泊。】十一郡。【西原、浦添、宜野灣、北谷、讀谷山、越來、美里、中城、勝連、與那城、具志川是也。原有八郡，康熙年間分爲十一郡。】
【島尻】南山府：十五郡。【真和志、南風原、東風平、大里、佐敷、知念、玉城、摩文仁、具志頭、喜屋武、真壁、高嶺、兼城、小祿、豐見城是也。原有十四郡，康熙年間分爲十五郡。】
【國頭】北山府：九郡。【恩納、金武、久志、名護、羽地、本部、今歸仁、大宜味、國頭是也。原有五郡，康熙年間分爲九郡。】
三十六島：庇郎喇【俗叫平良】、姑李麻【俗叫來間】、烏噶彌【俗叫大神】、伊奇麻【俗叫池間】、面那【俗叫水納】、伊良保【俗叫惠良部】、達喇麻【俗叫多良間】。以上七島，總稱之曰宮古島，又曰麻姑山。伊世佳奇【俗叫石垣】、姑彌【俗叫古見】、烏巴麻【俗叫小濱】、阿喇斯姑【俗叫新城】、達奇度奴【俗叫武富】、巴梯呂麻【俗叫波照間】、姑呂世麻【俗叫黑島】、巴度麻【俗叫鳩間】、由那姑尼【俗叫與那國】。以上九島，總稱之曰八重山，又曰大平山。姑達佳【俗叫久高】、津奇奴【俗叫津堅】、巴麻【俗叫濱比嘉】、伊奇【俗叫伊計】、姑米【俗叫久米】、東馬齒山【俗叫前慶良間】、西馬齒【俗叫西慶良間】、度那奇【俗叫渡名喜】、阿姑尼【俗叫栗國】、椅世麻【一曰椅山，俗叫伊江】、葉壁【俗叫伊平屋】、硫磺島【俗叫鳥島】、度姑【俗叫德島】、由論【俗叫與論】、永良部【俗同】、由呂【俗叫與呂】、烏奇奴【俗叫沖野】、佳奇呂麻【俗叫垣路間】、烏世麻【俗叫大島】、奇界【俗叫鬼界】。
凣管轄之島，星羅碁布，環國如藩，皆隔海之地也。衣服容貌，自古至今，總受中山一統之制，而與他國不類。自明以來，中華人所稱琉球三山六六島者，即是也。